Berdasarkan Peraturan Menteri Lingkungan Hidup dan Kehutanan Nomor 14 Tahun 2022 Tanggal 26 Juli 2022 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Direktorat Jenderal Pengelolaan Daerah Aliran Sungai dan Rehabilitasi Hutan.
Struktur organisasi Balai Pengelolaan DAS Unda Anyar terdiri dari :
- Subbagian Tata Usaha;
- Seksi Perencanaan dan Evaluasi Daerah Aliran Sungai;
- Seksi Penguatan Kelembagaan Daerah Aliran Sungai;
- Seksi Rehabilitasi Hutan dan Lahan; dan
- Kelompok Jabatan Fungsional.
Adapun bagan struktur organisasi Balai Pengelolaan DAS Unda Anyar adalah sebagai berikut :

Ruang Lingkup Kegiatan Masing-masing Seksi ada BPDAS Unda Anyar adalah :
a. Sub Bagian Tata Usaha mempunyai tugas :
- Subbagian Tata Usaha mempunyai tugas melaksanakan penyusunan rencana, program, anggaran dan pelaporan; urusan administrasi kepegawaian, keuangan, pengelolaan barang milik negara, tata persuratan, kearsipan, kerumahtanggaan, dan hubungan masyarakat, dan pengelolaan data dan informasi.
b. Seksi Perencanaan dan Evaluasi Daerah Aliran Sungai mempunyai tugas :
- Seksi Perencanaan dan Evaluasi Daerah Aliran Sungai mempunyai tugas melaksanakan penyiapan bahan penyusunan rencana pengelolaan daerah aliran sungai; pembangunan model pengelolaan daerah aliran sungai; penyusunan rancangan kegiatan, penyajian data dan informasi serta pemantauan dan evaluasi pengelolaan daerah aliran sungai, rehabilitasi hutan, lahan, perairan darat, dan mangrove, serta konservasi tanah dan air.
c. Seksi Penguatan Kelembagaan Daerah Aliran Sungai mempunyai tugas :
- Seksi Penguatan Kelembagaan Daerah Aliran Sungai mempunyai tugas melaksanakan penguatan kelembagaan pengelolaan daerah aliran sungai dan rehabilitasi hutan, lahan, perairan darat, dan mangrove, serta konservasi tanah dan air.
d. Seksi Rehabilitasi Hutan dan Lahan mempunyai tugas :
- Seksi Rehabilitasi Hutan dan Lahan mempunyai tugas melaksanakan rehabilitasi hutan, lahan, perairan darat, dan mangrove serta konservasi tanah dan air.
e. Kelompok Jabatan Fungsional
- Kelompok Jabatan Fungsional mempunyai tugas memberikan pelayanan fungsional dalam pelaksanaan tugas dan fungsi BPDAS sesuai dengan bidang keahlian dan keterampilan.
- Kelompok Jabatan Fungsional dapat terdiri atas berbagai jenis jabatan fungsional.
- Pengangkatan jabatan fungsional dilaksanakan sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan.
- Jumlah Kelompok Jabatan Fungsional ditentukan sesuai kebutuhan berdasarkan atas analisis jabatan dan analisis beban kerja.
- Tugas, jenis, dan jenjang jabatan fungsional dilaksanakan sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan.